像给事中这样一类实实在在的要职，只能由皇帝信任的人或亲信担任。
武皇当政时期，沈佺期的仕途的确是一帆风顺的，一直活跃在最高权利集团周围，没有做过地方官。
从他的诗中可以看出，他无论在哪个岗位上任职，皇帝都很重视他，有活动他是必请之人。
沈佺期仕途上很顺利，四十岁以前做的是中等官吏，但很得宠，四十岁以后做的是高官。他受宠三十多年，这在古代官场是少见的。
沈佺期能有这样的境遇应该与其理想分不开。
沈佺期的人生理想是作东方朔那样的文学侍从，“以文学扈从陪侍，歌颂大唐或武周的皇业，偶而也借机进谏，做一名良臣。”
正是因为心中一直抱有这样的愿望，沈佺期才始终安静内敛地做“本分中该做的事情”，完成各项交待的工作、写写赞歌、不说不中听的话、尽量令各方面皆大欢喜。
可是往往，好花不常开，好景不常在。
704年，沈佺期遭受牢狱之灾。有人弹劾沈佺期当考功员外郎时收取贿赂。宋之问因得罪了太平公主，被贬去了浙江，沈佺期更倒霉，被关进了监狱。
无端下狱，自是悲苦万分。他在狱中写了不少眼泪汪汪的诗，如《狱中闻驾幸长安二首》。
其一：“传闻圣旨向秦京，谁念羁囚滞洛城。扈从由来是方朔，为申冤气在长平。无事今朝来下狱，谁期十月是横河。君看鹰隼俱堪击，为报蜘蛛收网罗。”
其二：“北邙山上列坟茔，万古千秋对洛城。城中日夕歌钟起，山上唯闻松柏声。”
还有《枉系二首》：“吾怜曾家子，昔有投杼疑。吾怜姬公旦，非无鸱鸮诗。臣子竭忠孝，君亲惑谗欺。萋斐离骨肉，含愁兴此辞。昔日公冶长，非罪遇缧绁。圣人降其子，古来叹独绝。我无毫发瑕，苦心怀冰雪。今代多秀士，谁能继明辙。”
《同狱者叹狱中无燕》：“何许乘春燕，多知辨夏台。三时欲并尽，双影未尝来。食蕊嫌丛棘，衔泥怯死灰。不如黄雀语，能雪冶长猜。”
在《被弹》诗中，沈佺期描写了当时的情景，“幼子双囹圄，老夫一念室。昆弟两三人，相次俱囚桎”——沈佺期两个年幼的孩子也被抓进了监狱，弟弟佺交、佺宇也被关押。
诗中也写了监牢之中的环境，那是相当可怕：“劾吏何咆哮，晨夜闻扑抶。事间拾虚证，理外存枉笔。怀痛不见伸，抱冤竟难悉。穷囚多垢腻，愁坐饶虮虱。三日唯一饭，两旬不再栉。是时盛夏中，暵赫多瘵疾。瞪目眠欲闭，喑呜气不出……”狱中，酷吏咆哮讯问，昼夜行刑打人，捕风捉影式地诬人以罪名；当时沈佺期和其他犯人关在一起，泥垢满身，蛆虱横生，三天才让吃一顿饭，二十多天都没有梳过头；当时正是酷暑之中，臭气毒气弥漫，呼吸也不能畅快……
沈佺期获罪的原因主要有三个。
一是年轻、性耿、才高、宠久，遭人妒嫉。
沈佺期很年轻时就中了进士，入了官场，为人耿介，不讲究为官之道，爱说直话得罪人，又因武皇时期经常跟侍皇亲国戚左右做诗，锋芒毕露，遭人妒忌。“平生守直道，遂为众所嫉。”就是很好的例证，“盛时无大事，朝臣各猜肄。”这在历史上是不足为怪的。
二是沈佺期在做给事中或尚书任上，犯了“后官不反前官耻”的禁忌，树了对头。
按沈佺期《移禁司刑》诗中自述，他是一个性守安静，生活谨严的人，在做高官时不收门生，不结朋党，缺少做高官的底层基础，对前任做错的事不瞒不隐，该纠即纠，该翻就翻，有点一意孤行，“任直翻多毁，安身遂少徒”就是说的这些。
沈佺期得宠时，得罪的人太多了，以至于遭到弹劾后，朝中没有一个人出来为他说话，大多数人落井下石，正如他在诗中所说的“万铄当众怒，千谤无片实。庶以白黑谗，显此泾渭质。”他犯了官场众厌。
三是遭受了池鱼之殃，做了宫庭政治斗争的牺牲品。
张柬之政变、韦后干政、武则天卒，这三件大事都是发生在神龙元年（705年）的一月、二月和十一月。一月以后，时年已八十二岁的武则天武，就被迫移居洛阳上阳宫，她在长安的一批亲信旧臣遭到了全面的洗劫，沈佺期也在洗劫之列。
韦氏干政后，大肆捕杀武周人物，大“罪”者、证据确凿者，多遭诏斩，余者下狱愈千之众。全朝上下铲除二张势力，沈佺期于是又被扣上了“依附二张”的帽子。
沈佺期幸未遭诏斩，全赖中宗下了一道圣旨，对武周大臣不能滥杀，正如沈佺期在《移禁司刑》诗中所说，“圣旨垂明德，冤囚岂滥诛”。再就是因为所诬之人尚无确证。
神龙元年（705年），沈佺期被从狱中释放，改为流放驩州（今越南荣市）。
被流放的人不能结伴同行流放是罪人，路上有人押着走，每天走多远，也是有严格要求的：“骑马者，日七十里，骑驴及步，五十里，车三十里。”五十岁的沈佺期就这样一路被催着骂着，经过唐朝疆域的一半，历时数月，走到了越南，期间艰辛可想。
按唐律，流放人员还要戴枷干活，“在外州者，供当处官役及修理城隍、仓库，及公廨杂使”，即修官衙、仓库、城隍庙等诸类杂活都要干。
沈佺期自然愁肠百结，写下不少悲情诗篇。
流放的路上，沈佺期作《入鬼门关》诗曰：“昔传瘴江路，今到鬼门关。土地无人老，流移几客还。自从别京洛，颓鬓与衰颜。夕宿含沙里，晨行冈路间。马危千仞谷，舟险万重湾。问我投何地，西南尽百蛮。”
初达驩州，沈佺期作《初达驩州》诗曰：“流子一十八，命予偏不偶。配远天遂穷，到迟日最后。水行儋耳国，陆行雕题薮。魂魄游鬼门，骸骨遗鲸口。夜则忍饥卧，朝则抱病走。搔首向南荒，拭泪看北斗。何年赦书来，重饮洛阳酒。”
沈佺期曾登临驩州南亭，盛赞风景之美丽，但他游山玩水是“聊欲缓归心”的，他同时写了不少望乡思国的诗篇，情甚哀矜。《驩州南亭夜望》就是其中的一首，记述了他当时“望乡”的真实情景：
“昨夜南亭望，分明梦洛中。室家谁道别，儿女案尝同。忽觉犹言是，沉思始悟空。肝肠余几寸，拭泪坐春风。”
流放的日子，什么时候是个头呢？什么时候朝廷能大赦呢？