接下来的几天，攻城之战激烈展开。但现在是多雨季节，朱然军队的火炮并没有发挥应有的效果。战争进行的很艰难，只有等雨水停下来时才见到特别的功效，才有明显的进展。
陆宋岛居住有很多华人移民，但更多的是土着人。因有前期的不堪经历，并不见得所有的华人移民都支持朱然的军队。本地土着人似乎已习惯佛朗机人的统治，对前朝国王的感情也淡了很多，所以以王子的号召力并不大，很多本地土着人都把朱然这些外来军队视为侵略者。
就这样磕磕碰碰打了大半个月，还没攻下玛尼拉城，玛尼拉城是本岛最大的城市。反而是郑保仔的野路子队伍，打得比较顺利，他们自北往南进攻，约在下半月时间，已提前到达玛尼拉城外，和朱然的队伍会师了。
两支队伍的会合进攻，给了城内佛朗机人极大的压力。很快，城内的佛朗机人派人出来要求谈判议和。
朱然召集各个将领及谋士开会商讨对策。
朱然说：“佛朗机人初步的条件是他们撤出玛尼拉城，让给我们，但是我们的军队不能再南下，双方划线而治。大家觉得如何？”
陈也俊发言说：“他们在城内，后勤供应不上，特别是火炮。这是缓兵之计。”
朱然说：“我们也面监着同样的问题，双方僵持着，相互内耗，我们也耗不起。最主要，我们是客场，他们是主场，我们还没适应这里的夺雨天气。我们不能靠消耗人命来赢得战争的胜利。”
他又继续说：“我们低估了对方的实力，他们已在这经营了几年，已基本站稳了脚跟，天时地利人各我们都不占优。唯有火器方面和他们平起平坐，可能会略胜一丁点，构不成绝对优势。其实做生意和打仗一样，必然要有绝对的垄断地位，就是绝对优势，才有胜算。”
郑保仔问：“朱将军的意思是同意议和，但下一步有什么办法保障我们会有绝对优势，很明显，议和是双方为了喘口气，都会有回去重整兵马，准备再战的心理。”
这话说出了现实情况，一旦对方缓过来，所谓的和平协议就是一张废纸。最终还是谁的拳头硬谁说了算，真理总在大炮的射程之内。
“东番的南部距离陆宋岛北部很近，我们会重点发展东番南部的海军和兵工厂，在地理上挽回点优势，把松江府的火器厂大部分搬到东番南部，在火炮器械方面要有压倒性的优势，我相信，他们也想做同样的事。战争本质上是兵器技术上和队伍管理制度的竞争，其它都是配套工夫。喘气休整也是技术及后勤的竞争，不要焦急于一时的调整。”朱然无奈说道。
会议决定就些停战议和，让谈判官阮文涛向对方多要点黄金赔偿，已攻打的陆宋岛北部归朱然的东番政权管辖，南部仍由佛朗机人统治。
谈判完毕后，接下来让陈也俊带一部分兵员驻守陆宋岛北部占领区，行政上由阮文涛暂行管理，以后会在本地华侨中选出有名望的代表，出任行政长官。至于王子，还是让他担当一个国王的虚职，配合行政长官收拢和安抚民心。
休整几天后，朱然和郑保仔等人带领余下船队，运载着一批黄金等物资，回到东番。