世界初始之树内部，因为琪朵作死的缘故，世界初始之树的免疫系统完全被激活，原本纯净的蓝色水晶变成红色，随后浮现出一群化石神奇宝贝的幻影。
这些化石精灵幻影其实就相当于人体内的白细胞，会将所有的入侵者吞噬消灭。
很不幸，在前进的途中，一行人逐渐失散，除了小智以外，其他人都被这些奇形怪状的白细胞吞噬。只是在被吞噬的前一刻，所有人选择把精灵们释放出来。
“真是烦人啊。”叶越灵巧的避开一只像触手百合的红色幻影，面容严肃，“速度要快一些了。”
按剧情发展，接下来就是小智和皮卡丘重聚，梦幻释放力量平息世界树的异状，再往后路卡利欧牺牲自己，使得一切恢复平静。
只是对于这样的结局叶越并不能接受，凭什么作死的人能够安然无恙，真正善良的人却要为此付出代价。
因此，叶越想要改变这一切。
……
世界初始之树，结晶树干，小智和皮卡丘再度重逢。
“皮卡皮！”皮卡丘乖巧的蹭了蹭小智的脸颊，脸上出现幸福的笑容。
“皮卡丘，这是路卡利欧哦！”小智抚摸着皮卡丘的脑袋，向他介绍着一同而来的路卡利欧，“多亏了路卡利欧的指引，我们才能找到这里来。”
“皮卡皮卡~”皮卡丘对着路卡利欧挥了挥手，露出一丝和善的笑容。
“小智，你和皮卡丘真是很好的伙伴呢。”路卡利欧看着皮卡丘和小智的样子，满眼都是曾经和亚朗一起的样子。
“缪~”四周的空间微微波动，一只粉红色的小猫拖着长长的尾巴出现在半空中，手中还拿着小智掉落的帽子。
“梦幻说，这是你掉的帽子喵。”喵喵气喘吁吁的爬了上来，同时不忘替小智翻译梦幻的声音。
“谢谢你，梦幻。”小智接过帽子戴在头上，而后又充满担忧道，“不知道小遥她们怎么样了…”
“雷吉艾斯—”远处的岩洞上，冰神柱雷吉艾斯突然出现，面板上的信号灯疯狂闪烁，世界树的意志告诉它，眼前的这个人类就是入侵者，需要尽快的抹杀。
“雷吉——”
雷吉艾斯双臂抬起，蓝白色的冰冻光束宣泄而出。
“先离开这里！”路卡利欧表情严肃，一把将小智推开。
“砰！”
冰冻光束落在空处，四周的温度骤然降低，地面上瞬间凝结出一层冰面。
小智也不犹豫，带着精灵们朝洞内跑去。
只是还没走多远，化石幻影大军堵在了道路中央。
“这是什么鬼东西呀喵！”面对袭来的幻影，喵喵顿时慌了神。
只是，那群红色幻影穿过喵喵后并未对他造成伤害，反而一股脑的冲向了小智的身边。
一个不查，小智的半个身子陷落在红色幻影之中。那些幻影不断的蠕动着，想要将小智完全吞噬进去。
“皮卡皮——”皮卡丘焦急的大喊，脸颊两侧的电气袋滋滋冒出电流。
“该不会武藏和小次郎也被这种怪东西吞进去了吧…”喵喵语气有些干涩，有些不可置信。
“小智！”路卡利欧想要将小智从幻影中拉出来，下一刻，左侧的通道中出现了剩余的两只神柱。
岩神柱雷吉洛克、钢神柱雷吉斯奇鲁！
一瞬间，尖石攻击和加农光炮朝着小智的方向袭来。
路卡利欧没得选择，一个纵身来到小智身前，单手撑起守住的绿色护罩，另一只手释放出波导弹。
“大家都出来吧。”最后一刻，小智将精灵球甩出，蜥蜴王、大王燕、龙虾小兵和小小象出现在洞窟之中。
尽管路卡利欧挡下了双神柱的攻击，但小智还是没能逃过幻影的吞噬，原地只留下一顶帽子。
“皮卡皮——”皮卡丘撕心裂肺的叫声传遍整个岩洞，悲伤的情绪蔓延开来。
“梦幻，你一定有办法的喵！”喵喵希冀的看向梦幻，祈求从梦幻这得到答案。
“缪~”或许是被小智和皮卡丘之间的情谊感动，梦幻点了点头，随即超能力的波动四散，橙红色的水晶渐渐恢复到原本的蓝色，柔和的光芒瞬间传递到整个世界树。
另一处，感受到世界树变化的叶越不禁皱了皱眉头，喃喃道：“还是晚了一步吗？”
眼看着被幻影吞噬的小智再度出现，皮卡丘喜极而泣，紧紧和小智相拥，小智其他的精灵也围了上来，一下子把小智扑到在地。
四周水晶澄澈空明，三神柱恢复了平静，消失在洞窟的尽头，世界之树恢复了往日的生机，似乎一切都在往好的方面发展。
只是，原本活力十足的梦幻脸上浮现出一股不正常的红色，漂浮的身子也不受控制的落了下来。br>
地面震颤，刚恢复平静的世界初始之树发生了更大的异变。
“梦幻啊喵！”
喵喵伸手想去接住梦幻，谁料有一双手先他一步将梦幻接住。
“这就是万物的起源、一切神奇宝贝的源头吗？”琪朵·夏玛兹看着怀中的梦幻，不禁露出了满意的笑容，“有这个家伙在，你们应该满意了吧。”
琪朵轻轻敲击耳边的通讯器，战术目镜上浮现出一个个画面。
那些大人物们满意的点点头，看向梦幻的眼神充满了狂热。
“Y小姐，把这些碍事的人都解决了吧。”
“乐意效劳。”Y小姐手中精灵球放出，一只霸王花挥舞着藤蔓，试图将小智和他的精灵捆绑起来。
“不会让你得逞的。”小智咬牙道，“快把梦幻还回来！”
“皮卡丘，十万伏特！”
“皮卡——丘！”
刺目的电光闪耀，犹如咆哮的雷龙冲向霸王花。
“轰！”
雷蛇狂舞，狭小的岩洞根本没有躲闪的空间，因此皮卡丘的十万伏特重重的轰击在霸王花的身上。
“趁现在，大王燕，使出勇鸟猛攻！”小智大手一挥，指令再次传出。
“嘶叭！”大王燕浑身亮起白光，顶着皮卡丘的十万伏特冲向了霸王花。
可怜的霸王花刚一出场，就被皮神的十万伏特打掉了一大半的体力，然后又被效果绝佳的用鸟猛攻命中，一下子失去了战斗能力。
“……”Y小姐默默的将霸王花收回，随后也不再留手，一只散发着狂暴气息的鬃岩狼人（黑夜形态）出现在场地之中。
“吼！”
鬃岩狼人挥舞着利爪，强大的气息宣泄而出。
天王级！
“路卡！”
路卡利欧一发波导弹瞬发而出，将鬃岩狼人的注意力吸引到自己这边。
同样身为天王级，路卡利欧与鬃岩狼人可谓是旗鼓相当的对手。
看见双方精灵纠缠在一起，视频那头的大人物似乎有些坐不住了。
冷漠的声音从通讯器中传出：
“全力出手，解决他们！”